此时，已经西遁的关有才、张明志、王自奇三人分别退守楚雄、大理、永昌等地。在平息了孙可望叛乱后，定国认为如果任凭此三人据守滇西而不加以征剿，他日北伐之时，必将成为朝廷的心腹大患。
为此，在得到永历帝的允准后，定国当即命靳统武率四千精骑为先锋，自率大军三万在后，誓师西征。
由于顾虑到盘据滇西的三处兵马若是合为一股，势必大大增加平叛的难度，造成不必要的伤亡，因此定国拨给靳统武的四千将士皆是精锐中的精锐，命其务必迅速向楚雄进军，防止关有才不战而逃。
靳统武不敢怠慢，一路快马加鞭，当日便率军抵达了楚雄。不久前，关有才得到孙可望交水兵败的战报，心中惶恐不安，正打算弃城遁走，可还没等出发，却又得到了刘文秀率大军前往湖南追赶孙可望残部的消息，关有才认为定国断然不会两线用兵，顿时放下心来。
因此当靳统武率兵出现在楚雄城下时，城内竟毫无防备，加之城池年久失修，靳统武遂轻而易举就攻入了城中，并将关有才生擒活捉，押往滇都治罪。
数日后，定国率主力大军进驻楚雄，靳统武在向定国汇报完战况后，正欲继续向大理进军。然而定国却是摆了摆手，对其言道：“张明志此人虽是孙逆部属，但听闻其素来忠于朝廷，若是知道孙逆降清，必然与其划清界限！老靳，此番你去往大理，不必急于攻城，且先分兵占据通往永昌的各条要道，待张明志无路可退之时，再由本帅亲自出面劝降，定能够事半功倍。”
靳统武答应一声，抱拳领命而去，随即兵分数路，迂回占领了弥渡、南涧等处咽喉要道，彻底断绝了张明志的退路。
而此时，张明志在得知楚雄失守的消息后，心中惊惧不已，又听闻定国对孙可望恨之入骨，自己身为秦王麾下的心腹爱将，若是城破，必不为定国所宽恕，当即决定向永昌撤退。哪知还没来得及出城，弥渡、南涧失守的军情急报便接踵而至。张明志大骇，不得不放弃了退守永昌的计划，打算死守大理，同时命传令兵悄悄潜出城去，向王自奇求援。
没想到靳统武对此早有预料，张明志的传令兵才刚走到南涧，就被伏兵当场擒获。
次日天明，定国率大军赶到，旋即将城池围了个严严实实，张明志知道以城中的这点兵力，根本抵挡不住定国的攻势，因此在与家人交代了后事之后，便亲自登上城楼组织抵抗，准备与大理共存亡。
定国驻马立于城下，命义子李远上前叫城道：“城上的人听着！张明志将军何在？晋王殿下欲与张将军说话！”
听到喊话声，城墙上的守军纷纷聚拢过来，躲在女墙之后，猫着腰往下一看，果然是大名鼎鼎的晋王李定国到了。一时间众将士不禁议论纷纷，皆言大家都是大西军旧部，如今却为了秦王一己之私，双方反倒成了敌人，实在是造化弄人。
“弟兄们，咱们与西藩将士皆是兄弟，岂能刀兵相加？不如开城降了吧！”不知是谁突然在城上带头大喊了一声，顷刻间城内军心大乱，附和迎降之声此起彼伏。
张明志在一片哄乱声中快步走到城墙垛口，硬着头皮答应一声道：“张明志在此，晋王殿下久违了！”
定国手执马鞭，拍马往前走了几步，微微一笑拱手言道：“张将军，自田州一别，别来无恙？”
张明志在城头上连忙回了一礼：“多谢晋王挂怀，末将好得很！只是不知晋王此番大兵压境，是打算如何处置咱们这些秦藩将士？”
定国摇了摇头，朗声劝说道：“张将军怕是有所误会！想当初咱们共同跟随老万岁起兵，至今已有二十个年头，一直以来皆是同生共死，本帅又岂能将刀剑置于自家兄弟之身？今日本帅奉旨征讨，实乃迫不得已，将军素有忠义之名，却何故为孙逆一己之私，而置城中数千将士于不顾？你我可都是大明臣子，如今山河破碎，正是报国之时，将军不如归顺朝廷，本帅保证，过去一切既往不咎，不知将军意下如何？”
张明志沉默了许久，方才说道：“末将岂敢与晋王为敌，其实末将一直都有归顺之意，只是担心晋王不肯宽恕吾等这些秦藩旧将，方才举棋不定！今日晋王既然推心置腹待我，末将又怎敢抗拒朝廷大军？”
说罢，张明志遂吩咐众将士打开城门，放定国大军入城，大理得以不战而下。
定国遂命张明志继续镇守大理，并让其全权负责招降那些畏罪躲藏于滇西的秦藩溃兵，以赎前罪，而后又令靳统武率部继续向永昌进发。
王自奇龟缩于永昌城内，每日醉生梦死，随着楚雄、大理失守，他知道定国大军的下一个目标一定就是自己。在惊惧之下，他也只能是匆匆整顿兵马，做好了死守的准备。
永昌城池坚固，早在洪武年间，便是拱卫昆明的重要军事要塞，王自奇深信只要自己能够据险坚守上数月，定国必然因粮草告罄而撤军。
靳统武兵临永昌城下，派人轮番前去叫阵，可王自奇高挂免战牌，愣是坚守不出。靳统武兵力本就不多，面对坚城，一时也毫无办法，只能暂时先将城池围困起来，等待定国大军增援。
待大军抵达，听完靳统武的汇报，定国当即提笔写下一封劝降书信，命幕僚誊抄了数百份，用无头箭矢射入城中。
由于定国素来体恤士卒，深得众将士爱戴，如今看到定国的书信，永昌城内守军顿时斗志全无，三五成群地聚在一起，私下议论着投降之事，更有甚者打算捉拿王自奇献给定国，以为见面礼。
王自奇得知后，吓得是六神无主，不想成为白门楼上的吕布，急忙连夜带上十几名亲兵，从西门突围而去。见王自奇弃军而逃，城中军民立刻打开城门，齐声高呼道：“恭迎晋王！”
定国率大军进驻永昌，听闻王自奇逃跑，连忙吩咐义子李远速引五百精骑前去追赶。
王自奇一路夺命狂奔，待逃到腾越时，身边亲兵早已皆做鸟兽散，只剩下他孤身一人，王自奇自知无路可退，遂动了逃亡缅甸的念头。不料才刚抵达磨盘山后的橄榄坡，就被追兵蜂拥赶上，围了个水泄不通。王自奇环顾一眼四周，自知已无逃出生天的可能，心灰意冷下当即抽出佩刀，反手往脖颈处一抹，登时气绝身亡。
滇西平定，定国下令安抚百姓，旋即班师回朝。永历帝大喜，传旨犒军三日。随着孙可望的残余势力被彻底肃清，定国的威望已是如日中天，朝中诸臣皆感叹晋王乃是武侯再世，伊尹重生。
而定国念及孙可望已再无回头的可能，于是奏请永历帝将行宫迁入了原先的秦王府。
与此同时，定国再次修书送往海上，与郑成功相约待至明年夏天会师南京，恢复江南。另驰檄夔东十三家，约义兄李来亨率部与自己会师荆州，共抗清军。没过多久，李来亨就派来使者，与定国相叙旧情，答应一旦时机成熟，立刻出兵配合定国的行动。在定国的建议下，永历帝遂加封夔东十三家首领皆为公爵。
回过头再说文秀，他在得知孙可望已逃入清军地盘后，无奈传令停止了追赶，率全军返回贵阳，对原秦藩旧将、属官进行了全面整顿，并派人前往各州县安抚军民，渐渐重新稳定住了贵州的局势。
此时，明军仍控制着四川大部及湖南武冈一线，为了防止孙可望引清军来攻，文秀随即上疏奏请永历帝移跸贵阳，如此一来不但可以向天下军民表明朝廷收复失地的决心，还能够方便就近指挥，鼓舞士气。
永历帝深以为然，当即表示了同意，传谕礼部挑选吉日起驾。
此时定国尚在滇西讨伐王自奇，在听闻永历帝同意文秀移跸贵阳的建议后，顿时疑怒不已，以为文秀是想当第二个孙可望，挟天子以令诸侯。
为此定国连忙上奏永历帝，声称贵阳乃是前线，一旦战事不利，清军必将长驱直入，届时朝廷又将被迫西狩。如此一来不但凭添风险，诸将士为护驾也不得不分散精力，从而影响整个战局。而滇都处于后方，距离前线也不远，具有很强的机动性，只要战事顺利，朝廷便可以高枕无忧。如若永历帝执意要移驾贵阳，自己宁愿辞去一切职务，就此解甲归田。
朝廷正值用人之际，永历帝怎舍得定国离去，移驾之事自然也就此搁置，不了了之。
然而经过这场风波，定国与文秀兄弟间却陡然生出了猜忌，定国认为文秀先前乃是故意放走孙可望，于是下令将前线部队全部调回滇都整顿。军令难违，文秀纵有万般不甘，但也只得遵令率部退回了云南。
十一月十五日，孙可望在进入清军控制区后，便立即给清五省经略洪承畴送去了书信。
他带着满腔怒火，在信中言道：“自行开诚，愿附大清朝，献滇、黔、蜀之土地，岁纳贡赋，祈职转奏大清皇帝陛下，请兵报仇，以复滇云，擒渠获丑，荡平叛逆，归版章于一统，愿偕诸将进讨，以效奉国初心。”
孙可望一手挑起的内讧对清廷来说无疑是踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫。虽说孙可望心胸狭窄，一心想着废帝自立，但他“一堵墙”的名号也不是徒有虚名，这些年在孙可望的精心布置下，清军虽然数次击退明军的大举反攻，但自身也始终未能取得实质性进展，双方长期处于对峙状态。
洪承畴清醒的认识到，自己目前暂时还没有力量打破军事上的僵局，为此只得依照当前形势制订了“安襄樊而奠中州，固全楚以巩江南”的战略防御方针，一面开垦屯田，恢复生产，以守为战，一面招降纳叛，分化瓦解明朝内部，打算等条件成熟之后再会师并进，转守为攻。
这一策略与他当年在松锦大战时所用的步步为营、且战且守有着异曲同工之妙，然而他忙碌数年，却始终没有半点收获。清廷内部见洪承畴在前线久久没有动静，却是等得不耐烦了。
其中户部侍郎王弘祚率先上疏指责洪承畴养寇自重，征兵转饷，骚动数省，大为民生困弊，使朝廷军费日益增加，强烈要求罢黜洪承畴。
四川巡抚李国英也以八百里加急上表弹劾洪承畴太过保守，此举必致师老财匮，坐而自困，要求由以平西王吴三桂接替洪承畴之职。
洪承畴一时焦头烂额，不得不终日忙于上疏为自己辩解，更加无暇顾及军务了。