时值日本大正时期。传说太阳下山后，有恶鬼出没吃人，亦有猎鬼人斩杀恶鬼、保护人们。
卖炭少年灶门炭治郎，他那平凡而幸福的日常生活，在家人遭到恶鬼袭击的那一天发生了剧变。母亲与四个弟妹惨遭杀害，而与他一起生还的妹妹祢豆子亦异变成凶暴的鬼。
为了为家人报仇雪恨，也为了让变成鬼的妹妹重新恢复成人类，灶门炭治郎在猎鬼人的指引下，与尚存理性的妹妹踏上了旅途。
经过两年艰苦的剑技磨练与赌命试炼，灶门炭治郎与妹妹祢豆子，成为了猎鬼人组织的“鬼杀队”中的一员。
………………
鬼杀队，是拥有数百名队员，未被政府认可却已经存在了许久的古老组织，自古被称为“猎鬼人”，已经存在了千年之久。
起初“鬼杀队”是以讨伐存活千年以上的鬼之始祖——鬼舞辻无惨为最终目的而成立的组织，千年以来一直在不断讨伐着无惨及其手下的诸鬼，守护着人们的生命安全。
大约400余年前的战国时期，在以继国兄弟为首的一批使用起始呼吸·日之呼吸的剑士的活跃下，鬼杀队成功将鬼舞辻无惨逼入了绝境。但由于继国严胜中途背叛了鬼杀队而投靠了无惨，化身为了剑之鬼——“黑死牟”，导致其弟弟继国缘一不得不令无惨逃脱，而鬼杀队针对无惨的围剿计划也功亏一篑。
虽然令无惨逃脱，但是继国缘一带来的呼吸法使得鬼杀队拥有了一项对付鬼的利器。虽然无法使用日之呼吸，但鬼杀队的其他柱还是以日之呼吸的原理为基础，创造了「水」、「雷」、「炎」、「岩」、「风」五大基础呼吸法。
在此之后，鬼杀队的成员们又根据这五大基础呼吸法创造了「花」、「蛇」、「霞」、「恋」、「音」等多种多样的派生呼吸法。呼吸法的出现使得鬼杀队的实力大增，并在与鬼的战争中逐渐取得了优势。
在1868年的明治维新之后，因为武士阶级被政府取缔，武士刀被禁止，且由于组织并未被政府承认，所以鬼杀队队员不能再在大庭广众之下携带日轮刀行动，只能在暗中完成灭鬼的任务。
鬼杀队曾多次遇到濒临覆灭的危机，因此400多年前流传下来的许多信息（如斑纹）因此中断。
组织构成为干部与一般队员。
干部，鬼杀队高层由产屋敷家族的当主一人，和最高阶的“柱”级干部队士九人组成。柱合会议是由当主主持的，由全体柱成员一同参加的决策会议，一般重大的事情都会在这个会议上宣布。
一般队员，分为甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十个阶级。新队员在接受分散各地的培育师训练后，通过“最终选拔”——在囚禁着鬼的藤袭山待上7日并生还，即可入队。每名队员都会配发队服和日轮刀，并通过会说话的“鎹鸦”进行联络以及传达讨伐鬼的任务。
大正时期的鬼杀队，也就是灶门炭治郎成为鬼杀队的一届剑士，鬼杀队拥有着除最早一批武士外最强的九位柱级剑士。
水柱——富冈义勇
虫柱——蝴蝶忍
炎柱——炼狱杏寿郎
音柱——宇髄天元
恋柱——甘露寺蜜璃
霞柱——时透无一郎
蛇柱——伊黑小芭内
岩柱——悲鸣屿行冥
风柱——不死川实弥
再加上实力足以匹敌“柱”级的灶门炭治郎、我妻善逸、嘴平伊之助、栗花落香奈乎等人，这一届的“鬼杀队”是即四百年前最初武士之后，最强的“鬼杀队”。
而鬼舞辻无惨同样不想被动的任人宰割。在千年时间，靠给人注入他的血液，鬼舞辻无惨孕育而出众多大小鬼，其中以上弦六鬼与下弦六鬼合称的“十二鬼月”实力最为强大。
尤其是上弦六鬼，每一只鬼都足以匹敌三名“柱”级鬼杀队员的强悍实力。
另外，针对“鬼杀队”独有的呼吸法与日轮刀，鬼同样是有着与之相对的血鬼术，已经近乎不死的身躯和极强的自愈能力，除非被日轮刀斩下头颅或被日光照射，否则鬼都不会死去。
为了彻底讨伐鬼舞辻无惨，鬼杀队精锐尽出，他们舍生忘死，浴血奋战，势要在他们的时代终结这场千年的人鬼大战。
然而即使是这一期的“鬼杀队”，在针对鬼舞辻无惨的讨伐中最终仍然损失惨重……
鬼杀队一般队员死伤过半，灶门炭治郎斩杀下弦之伍·累。
无线列车一战：炎柱斩杀下弦之壹，随后在与上弦之叁的交战中重伤陨落，未能将其斩杀。
花街之战：合音柱、灶门炭治郎、我妻善逸、嘴平伊之助四人之力，斩杀上弦之陆·妓夫太郎、堕姬兄妹。音柱伤残引退，灶门炭治郎三人重伤。
无限城之战：合岩柱、风柱、霞柱、不死川玄弥之力，斩杀上弦之壹·黑死牟。霞柱、不死川玄弥两人陨落，岩柱、风柱重伤。
无限城之战：合虫柱、栗花落香奈乎、嘴平伊之助之力，斩杀上弦之贰·童磨。虫柱陨落，香奈乎、伊之助重伤。
无限城之战：合水柱、灶门炭治郎之力斩杀上弦之叁·猗窝座。水柱、灶门炭治郎重伤。
无限城之战：我妻善逸斩杀新任上弦之陆·狯岳，我妻善逸重伤。
……………………
经过一系列的血战，鬼杀队最终彻底歼灭“十二鬼月”，将起始之鬼·鬼舞辻无惨逼入绝境。
最终决战，在付出岩柱、风柱、蛇柱陨落的代价，鬼杀队终于斩杀鬼舞辻无惨，彻底结束了恶鬼作乱的时代。
至此，鬼杀队九柱仅余水柱、音柱、恋柱三人，其余六柱已全部阵亡。
决战之后，灶门炭治郎之妹灶门祢豆子在药物的作用下成功恢复为人类，结局理所当然的向着美好发展。
然而，就在鬼杀队沉浸在终结恶鬼的喜悦中时，异变却突然出现！
毫无征兆出现的邪恶气息将鬼灭世界笼罩，在邪气的影响下，本已被鬼杀队歼灭的鬼舞辻无惨与其部下“十二鬼月”及众多恶鬼竟然再度复活！并且他们的力量比巅峰时期更为强盛！
在重生的鬼舞辻无惨与“十二鬼月”面前，已经失去六柱的鬼杀队根本无力对抗，血战之后，鬼杀队几近全军覆没，不足百余剑士突出包围。
在交战中，音柱、恋柱相继陨落，水柱被断一臂，掩护灶门炭治郎、灶门祢豆子、我妻善逸、嘴平伊之助三人狼狈逃离。
恶鬼再次降临在了世界！！
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