日军在残杀国军俘虏的同时，也把屠刀指向手无寸铁的市民，为了掩盖罪行，严令记者拍照、报道。在第一轮大屠杀之后，接着就是毁尸灭迹，掩盖杀人真相。
据在长江岸参加毁尸灭迹的日本少佐大田寿男在成了中国人民的阶下囚之后，供认说：
“我在12刀15日晚到达南京下关第2碇泊场司令部之后，司令官命令我说：安达少佐正在处理尸体，现在命令你和安达少佐共同完成这次任务。当我奉命之后，就在南京下关码头上，分东西两个罩域执行任务，安达在东部处理，我在西部处理，两个区域共使用30只气船、10台汽车、800名运输兵，从12月16日开始，到18日两天时间，经我处理的尸体有19000多具，安达处理16000多具。加上安达自E处理的65000多具，碇泊场司令部共处理了10万具以上的尸体，其中3万多具是掩埋、烧毁以外，其余的都投到扬子江里去了。我想其他部队自己处理至少也有5万人，共计15万人。被杀害的人们绝大多数是市民，有男女老少。还有一部分是抗日游击队，估计也有3万。当我刚到下关时，我看见有日本军队仍用机关枪向他们扫射，我记得被扫射过的许多人之中，有很多带活气没死过去，而仍在呼吸着的人。
“经过处理的2万多具尸体里面，就有350多个是被扫射后仍在呼吸未死的。处理这些活人的时候，我命令部队先用装货的铁钩子将他们打死，使其绝命后再用钩子搭到船上，投到扬子江里去。我清楚地认识到这是一种惨无道的杀害。这些罄竹难书的罪行再没有比杀人者自白更令人触目惊心、切齿痛恨的了。历史发展到今天，日本军国主义之魂正在复活，我们不要抱任何希望强盗会变成仁者。强盗永远盗心不改。
1984年8月4日，在日本宫崎县臼杵郡北乡村一农民家里，发现一本直接参与“南京大屠杀”的侵华日本士兵日记。日记本是日本博文馆印刷的。这个士兵是侵华日军都城第23联队的上等兵。属于第10军第18师团。
日记中的12月15日（1937）一页写道：
“今天，碰到大约2000名无数可逃的中国佬，打着白旗排成长串投降，老幼掺杂，服装不一，没有携带任何武器，沿道绵延而跪，简直成了天下之奇观。我们好像没有采取任何措施就用不同方式把他们杀了。近来闲得无聊时，就拿杀中国人取乐。把无辜的中国人抓来，或活埋，或推入火中，或浇上汽油活活烧死，或用木棒打死，或用绳子吊死等。几乎用尽了取人性命的手段。
12月21日一页写道：“今天，又把无辜的中国人推倒，猛打，打到半死状态时，又把他们推到壕沟，从头上点火，把他们折磨死。为了消遣解闷，大家都这样取乐，这要在日本内地，将会造成大事件。但在南京简直如同杀狗宰猫。”
在这个农家保存的相册中，还发现3张黑白照片，其中一张照片上，有12个刚砍下人的人头滚落一地，有老人、小孩、妇女。惨不忍睹。照片的背景赫然有南京两个字。