局势就在不经意之间发生了翻天覆地的变化，一切都如曹变蛟预料的那般在循循渐进的发展着，面对着局势糜烂的中原之态，曹变蛟选择了退后，以报凤阳之根基所在，但是并不是所有人都像他一样，比如孙传庭就是其中最显眼的人物。
孙传庭斩掉人龙以后，威震三边，从此后天天整治军队做平贼的打算，可是这时贼兵又围困开封，朝廷传令御史苏京过来监督延安、宁夏、甘肃、固原的部队，催促孙传庭出关。孙传庭上书说：“部队刚招募起来，还不能使用呢。”皇帝不听，严令孙传庭出兵作战，孙传庭不得已出兵，在九月里抵达潼关。
孙传庭在潼关经过几天的休整，崇祯帝依旧在不断催促孙传庭进军，孙传庭于十月份带着新募的士兵出征，官军一路上偃旗息鼓，潜行于山中，偷偷接近民军，打算来个出其不意、攻其不备。在河南郏县，官军潜至民军附近，孙传庭令部将左勷率左军，郑嘉栋率右军，高杰率中军设下埋伏，牛成虎率前军挑战民军，诱敌深入。双方接战不久，牛成虎佯装失败，将民军引入包围圈，四面伏兵突起，民军卒不及防，向东逃窜，官军追杀三十里，孙传庭在力不如人的时候，以智取胜，官军取得了久违有胜利，然而由于此时天降大雨，官军又饿又冷，没能继续扩大战果。
农民军虽初战失利，但毕竟人多势众，在官军打扫战利品之际，民军主力杀了个回马枪，官军抵挡不住，兵败如山倒，孙传庭率残兵败将狂奔回陕西。官军此战原为长途奔袭，试图以战养战，粮草供应不上，士兵们不得不采集没有成熟的青柿充饥，因此河南人将此战称为柿园之役。这次战斗官兵死了几千人，材官小将牺牲的有七十八个人，农民军得到了他们所丢掉的很多战马，孙传庭败走巩县，取路孟县进入潼关，已经无力再战了。
十二月四日，李自成攻陷并占据襄阳，左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前进，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州，二十八日，焚烧献陵。崇祯十六年正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死，二十五日，消失已久的张献忠走出山林攻陷蕲州。三月，李自成杀害罗汝才，合并其部众，朝廷遂令大学士吴甡率师征剿李自成。
在李自成如火如荼的夺占湖广、河南之际，清将阿巴泰率军讨伐明朝，内大臣图尔格为副将，清军自黄崖口进入明朝边境，在蓟州打败明将白腾蛟等人，并连续攻破河间、景州，趋近山东兖州，擒斩明鲁王朱以派等人，并分兵到达山东莱州、登州、青州、莒州、沂州等地，回军时攻打河北沧州、天津、三河、密云。
乾清宫之中，崇祯皇帝朱由检一脸倾颓之色的依靠在龙榻之上，口中猛烈的咳嗽着，那一声声的咳嗽仿佛是在提醒他，大明的江山已经到了他此刻身体的程度了，十几年的操劳，已经拖垮了他的身子，也拖垮了大明最后的一丝元气，什么叫气数，以前不想相信，但是此时此刻，他不得不相信了，这就是气数。
孙传庭败了，大败亏输，陕西兵自古以来就是明朝出精兵的地方，孙传庭也是难得的帅才，但还是没有能够击败李自成，而且兵马损失大半，现在河南全境落入了李自成手中，等于是大明朝的心脏被人挖去了，南北漕运受到了阻断，北京刚刚遭到清军的围攻，近三个月的严密守备，十几万兵马，只能眼看着对方几万人在城下是耀武扬威，却无能为力，现在好了，连老祖宗的坟墓都被人烧了，对于朱由检来说，这和当初凤阳被毁的耻辱相比，那就是更上一层楼，哪一朝的皇陵是一而再的被乱军挖掘毁灭的呢，他都不知道自己将来有何面前去见九泉之下的祖宗。
“曹变蛟现在还在凤阳按兵不动吗？”朱由检半躺半靠的看着手中的奏牍，很是随意的问着身边的秉笔太监王承恩。
王承恩一脸为难之色，支支吾吾的，说道：“皇上，您身子不爽，还是先歇歇吧！”
“朕在问你话呢！”朱由检立即呵斥了一句。
王承恩无奈，只好答道：“曹变蛟还在凤阳，朝廷曾经下旨让他配合孙传庭剿灭李自成，在汝宁打了一仗之后，曹变蛟就上奏说兵马损失惨重，粮饷缺乏，无力再战，就退回凤阳去了，其后兵部也曾经下过两道旨意前去督促，但是曹变蛟每一次都是说没有粮饷，兵马不听调度，若是朝廷能够调拨他十万两军饷，他才能调兵前往，若是强行出兵，恐手下将士会出现变故，附逆李自成。”
“哎……世道如此，人心不古啊！朕原本还以为他曹变蛟是忠臣，没想到他也学起了左良玉，左良玉那厮弃襄阳，走武昌，大肆剽掠，朕也是无能为力了，他们要银子，朕哪里有银子给他们呢，户部现在是空空如也，别说十万两，就是一万两，朕也是有心无力啊！”
听到皇帝竟然说出这样的话，王承恩也是心酸不已，一个堂堂大明朝的皇帝，如今竟然说出了如此沉重的话语，这也让他身为奴才的身为酸楚。
“皇上，监军金声倒是也上了一道折子，在折子之中禀奏，说他曾经与曹变蛟相谈过，曹变蛟所图者，非为拥兵自重，实乃自身实力不济，不能与李自成一战，若是皇上能够准许他招募兵马，同时许以更大的权力，以诚意打动曹变蛟，他不会抗旨不遵的，奴才觉得，既然一时之间李自成是没办法剿灭，但是对张献忠不妨可以一试，张献忠此前就是败于曹变蛟之手的，剿灭张献忠，曹变蛟是不会拒绝的。”
“混账！难道要让朕堂堂大明天子，去求他一个臣子吗，当真是可恶至极！”朱由检当下也是愤怒的呵斥起来，对王承恩说的这些话感到气愤不已，如果真的那样做，他还有半分大明王朝皇帝的威严吗。
“奴才失言，皇上恕罪！”当下王承恩连忙伏地请罪，本来还有些话想说的，但是看到皇帝愤怒的样子，他也是无奈的又重新咽了回去。
“传旨，曹变蛟剿贼不利，剥夺其封爵，降为岳州总兵！原保定总督杨文岳兵败失利，调任出任九江总兵！”朱由检也是随即做出了决定，既然他们不出兵，那就将他们放到前线去，他们总不能坐着等死吧！
他是着实无奈，养兵需要钱，眼下国库实在是空空如也，没有钱财去犒赏三军了，那些武将们，一个个对他都是敷衍了事，一个孙传庭大败而龟缩关内，自己也是屡次告诫他尽快出兵，他现在就是不听，左良玉现在几乎是对朝廷的军令是阳奉阴违了，而好不容易从辽东杀回来个曹变蛟，本以为是赤胆忠心，没想到现在亦是有样学样，让他也是头疼无比，只能是用那些不是办法的办法才应付了。