一战的失败让德国人丧失了绝大部分军事力量，海军的损失尤其惨重，数十艘大型战舰无一幸存，德国海军变成了一支纯粹的“岸防海军”。但军方并没有死心，而是一直试图重建德国海军昔日的辉煌。“埃姆登”号轻巡洋舰揭开了海军重建的序幕，之后德国陆续建造了一批轻巡洋舰以及德意志级袖珍战列舰。但海军总司令雷德尔并不满足于现有的成绩，参加过日得兰海战的他梦想重振德国海军一战时的雄风。于是，30年代初，尽管《凡尔赛条约》明文禁止，德国海军仍开始悄悄地考虑建造重巡洋舰的可能性。
1933年希特勒上台后，对雷德尔的扩军计划大加支持。受此鼓舞的海军几乎立即开始为建造大型军舰做准备：1934年，海军参谋部与克虏伯公司签订了制造380毫米和203毫米舰炮及双联装炮塔的合同。其中，380毫米舰炮和炮塔为设计中的俾斯麦级战列舰准备，而203毫米炮则将安装到设计中的希佩尔海军上将级重巡洋舰上。“欧根亲王”号就是希佩尔海军上将级的三号舰。
1935年6月18日，《英德海军条约》的签订，更为德国海军建造大型舰只大开方便之门。7月9日，德国政府宣布了一项庞大的造舰计划：两艘战列巡洋舰（沙恩霍斯特级）、两艘重巡洋舰（希佩尔海军上将级）、十六艘驱逐舰和二十八艘潜艇。其中第一艘重巡洋舰“希佩尔海军上将”号已于三天前（7月6日）在汉堡的布洛姆·福斯（Blohm&Voss，B&V）船厂开工（建造代号H）；当年8月15日，二号舰“布吕歇尔”号在基尔的德意志船厂开工（建造代号G）。1936年4月23日，追加建造的三号舰上了同在基尔的日耳曼尼亚船厂的船台（建造代号J）。
该级重巡洋舰都是以德国历史上的名将（尤其是海军名将）命名，三号舰的命名自然也要遵循这一原则。1938年3月，德国吞并了奥地利，为了强调德奥两国的历史渊源，粉饰自己的侵略行为，纳粹政府决定选择一位奥地利将军来命名将于当年下水的重巡洋舰。海军史学家想起了19世纪奥地利海军和普鲁士海军的紧密联系：那时，奥地利和普鲁士是德意志诸邦中仅有的两个拥有海军的公国。在1864年的普鲁士-丹麦战争中，两国海军组成联合舰队，在奥地利海军准将特盖特霍夫指挥下共同作战，并于当年5月9日在赫尔戈兰海战中击败丹麦海军，海军上将威廉·冯·特盖特霍夫自然成为命名该舰的第一选择。但考虑到同样作为利萨海战的指挥者，用特盖特霍夫来命名一艘德国军舰可能会伤害轴心国盟友意大利的感情，这一方案被放弃，纳粹政府选择了同样出自奥地利的名将欧根亲王来为这艘重巡洋舰命名。
1938年8月22日，重巡洋舰J在基尔下水，正式命名为“欧根亲王”号。前奥匈帝国海军上将、匈牙利摄政霍尔蒂的妻子玛格达·冯·霍尔蒂参加了下水和命名仪式，并为这艘重巡洋舰打碎了酒瓶。
“欧根亲王”号从船厂里就开始了它的传奇经历：1939年8月，苏联寻求德国在海军方面的帮助，提出购买德国正在建造中的三艘希佩尔海军上将级重巡洋舰：“欧根亲王”号、“塞德利茨”号和“吕佐夫”号，“欧根亲王”号面临第一次考验。但从一开始就准备进攻苏联的希特勒当然不会允许加强苏联红海军力量的情况出现，于是三艘战舰中完成度最低的“吕佐夫”号被同意出售给苏联。“欧根亲王”号也得以避免成为苏联红海军“彼得罗巴甫洛夫斯克”号重巡洋舰，但也就此继续它不幸而又幸运的一生。
1945年5月7日，“欧根亲王”号与在哥本哈根的其他德国舰只一起向英军投降。第二天，德国正式投降，英军也于当天接管了这些德国军舰。接下来的20天里，德国水兵享受着战争结束后的宁静，每天除了例行的保养和警戒几乎无所事事，于是有人想出一个打发时间的好办法：学开汽车。舰员们先说服了英国警卫，然后又在码头上找到一辆卡车，开设了这个临时“驾驶培训班”，至于燃料更不成问题——码头的仓库里就有不少。练习了几天就开始考试，科目是开车绕一个码头仓库转一圈，转下来就算合格，结局自然是皆大欢喜，几乎所有学车的人都拿到了驾照。
5月27日，“欧根亲王”号接到了出发的命令，它和“纽伦堡”号一起，在英国防空巡洋舰“狄多”号和重巡洋舰“德文郡”号的护送下移泊威廉港。“狄多”号在临别时给“欧根亲王”号发来一条灯光信号：愿下次相见时如意。但这两艘军舰再也没有“下次相见”的机会了。
半年之后，根据战胜国对缴获的轴心国舰艇抽签分割的结果，“欧根亲王”号成为美国海军的财产，并于12月13日驶往威瑟蒙德。美国海军接手后，按惯例将其划分为“未定名的辅助舰”(IX编号系列)，重新将其编号为为IX-300，正式的舰名是USSPrinzEugen(美国海军“欧根亲王”号)。听到这个消息后，德国舰员如释重负，他们原先担心军舰会被苏联红海军接收，他们则会被扔进战俘营，现在至少牢狱之灾是免了。
美国海军上校亚瑟·哈里森·格劳巴特成为“欧根亲王”号最后一任舰长，他上任后就给IX-300带来了很多富于“美国特色”的东西：多了不少美国水兵，日常供应变得极为丰富，舰上装设了不少咖啡售卖机，还有一个不光彩的改变——专门隔出了“有色人种专用住舱”。接下来美国人下令整修该舰，保留全部武器，还找回了一些德国投降后离去的舰员，这使德国水兵们浮想联翩：有人猜是美国要将她编入自己舰队，有人猜要卖给其他国家，也有人猜是一个富翁看上了这条军舰。
1946年1月13日，美国海军的“欧根亲王”号在德美混合舰员操纵下从威瑟蒙德起航，对长时间的港口生活感到有些厌倦的舰员们对此热情高涨，9天之后抵达目的地——美国波士顿港(期间那个“有色人种专用住舱”没有派上用场)。途中机械故障频发，德国舰员正好借此机会让美国舰员熟悉了这艘战舰，同时他们也互相熟悉。之后，一部分德国船员完成使命，启程回国，另一部分人继续留下来，协助接下来的任务。
在美国的德国舰员过得还算开心，他们第一次见到了普通美国人，而普通美国人也第一次亲眼目睹德国军人。美国人和德国人都对对方有着浓厚的兴趣，都急于知道对方真正的生活状况和这些年来的经历。有一个小插曲，“欧根亲王”号刚到波士顿时，一个美国人对一名德国水兵说：“你们长的和我们一样，做起事来也一样。”这句话使这个德国小伙子大为吃惊：“什么？难道美国人以为德国人嘴里都叼着一把刀不成？”在波士顿停留期间，德国舰长和几个船员还被当地的广播电台请去做了一个面向全美的直播节目，他们在节目里介绍了欧根亲王号的战斗经历和德国战前的日常生活。还是在波士顿的时候，这条传奇军舰的最终命运最后由几乎无所不能的媒体揭晓了：做为即将在太平洋进行的新式武器——威力无边的原子弹实验的“豚鼠”。
不久，欧根亲王号被送到费城，在那里为最后“上路”最准备。到此时为止，德国舰员已经陆续离开美国回国了，现在剩下的都是技术岗位的德国舰员，大量美国方面的人员已经上舰。在沟通上双方有一些障碍——比如各个岗位，各个部件的德-英名称转换的问题，不过到2月初，“欧根亲王”号又能出现在海上，进行试航，随船的还有许多美国海军其他人员和专家。此时，舰上的火炮系统和雷达系统都已经修复完毕，随时可以再次投入战斗，但再没这个机会了。在费城，美国人对“欧根亲王”号的主炮产生了兴趣，A炮塔的两门203毫米主炮被卸走以供研究。不过美国人对德国雷达没什么兴趣，认为其工作方式和美式雷达相去甚远，最后为了在以后的航行过程中稳妥起见，用了两天时间把原来的雷达卸掉，换上了美式雷达。在这段最后的日子里，美国媒体着重渲染了美德双方的良好关系，比如“鲜花在原纳粹军舰上盛开”之类。
1946年3月，“欧根亲王”号起程驶往其最后的归宿——马绍尔群岛的比基尼环礁。在巴拿马的巴尔博亚附近海域，美国海军对其声纳系统(和雷达系统不一样，美国人对该舰的声纳系统一直兴趣浓厚)进行了测试。扮演攻击方的美国潜艇一共发射了34枚练习鱼雷，全部被“欧根亲王”号的声纳系统所发现，并被准确定位。其间好莱坞抓住机会及时进行了骚扰：一个导演问一名德国舰员认不认识党卫队的军衔，被那个德国人有礼貌地回绝了。
在圣佩得罗港，一批德国舰员再一次起程回国。只留下了最后的必要人员，而这些最后剩下的人也将在到达加州圣迭哥时离舰回国——德国舰员们本来指望可以到夏威夷或是去比基尼看“欧根亲王”号的最后时刻。5月1日，最后一批德国舰员对这艘“幸运战舰”道了永别，现任舰长、美国海军上校格劳巴特与这些舰员一一握手道别。
1946年7月1日，“欧根亲王”号在比基尼环礁的靶场准备就绪。早上7时，A实验(原子弹空爆实验)开始。9时，一架B-29向靶舰舰队投下一枚原子弹，原子弹在水面上518英尺引爆，一些效应船沉没，但距爆心仅1194码的“欧根亲王”号却只受了点轻伤，依然在水面上飘荡。
7月25日，“欧根亲王”号又参加了第二次试验：B实验(原子弹水中爆炸实验)。上午8时35分，这次的原子弹在水中90英尺深处爆炸，大量效应船只沉没，但幸运女神仍然在顽强地保护着她的“宠儿”，距爆心仅1990码的IX-300仍然浮在水面上，甚至从外表上看不出来有什么明显的损坏。这艘“幸运战舰”把它的运气一直保持到最后一刻。由于B实验所展现出的巨大破坏力，原准备进行的C实验——深水核爆实验取消。
8月29日，饱经磨难的“欧根亲王”号退役，并于9月初拖往夸贾林环礁。基本完好但沾染了核辐射的退役战舰锚泊在夸贾林环礁附近，没有人敢靠近，它在那里寂寞地度过南太平洋一个又一个日出日落。
也许是核爆实验中所受的“内伤”开始发作，也许是厌倦了这种等待被锈蚀的生活，3个多月后的12月21日，“欧根亲王”号因风暴损坏了舰尾，并严重进水，侧倾达35度。第二天，在被拖往夸贾林环礁埃努布吉礁的途中，“欧根亲王”号倾覆在一片珊瑚礁中，地点是东经167度41分，南纬8度44分。