1912年4月8日，中国有史以来的第一届国会在北京开幕。在前一天晚上，临近众议院的各街道上早已是布置得张灯结彩，流光璀璨，一片喜庆色彩。第二日，那些当选的参、众两院议员们都穿着崭新的大礼服，喜不自禁的陆续走进众议院会场。或许是“宋案”的关系，袁世凯当天并未出席，只是派出了总统府秘书长梁士诒及内阁总理、各部总长前来致贺，加上前来观礼的内外来宾，场面倒也算隆重。
等到上午十一点，各方人员均已到齐，国会筹备委员顾鳌宣布开幕典礼开始，先放了108响礼炮，接着才由各方代表发言。随后，总统府秘书长梁士诒也拿着袁世凯的贺词念道：“我中华民国第一次国会正式成立，此实4000余年历史上莫大之光荣，4万万人亿万年之幸福。世凯亦国民一分子，当与诸君子同深庆幸。”说完，梁士诒高举双手喊口号：“中华民国万岁！民国国会万岁！”梁士诒一举手，台下的议员们也都纷纷响应，口号声震耳欲聋，会场气氛达到了高潮。
国会开幕后，第一件事情便是要选举正副议长，当时的参众两院均分为两派展开了激烈的争夺，这便是国民党一派，共和党、民主党和统一党这三党为另一派。这些议员们开了多次预备会议，闹腾了半个多月，才算把议事细则及正副议长选举规则等办法搞好。在随后的参议院选举中，国民党参议员张继和王正廷分别当选为正、副议长；而在众议院的选举中，民主党议员汤化龙当选议长，共和党议员陈国祥当选副议长，双方基本打平。
在“宋案”陷于停顿、国会议员们忙着搞选举的时候，袁世凯也没闲着。他此刻正在策划一件大事，那就是前两届内阁都没有搞好的“善后大借款”问题。袁世凯凭着多年的政治经验，早已预料到要同革命党人摊牌，因此他需要筹措足够的资金来打仗。毕竟，不管在什么情况下，没有钱总是万万不能的。
4月26日晚，国务总理赵秉钧、财政总长周学熙、外交总长陆征祥在北京汇丰银行大楼与英、法、德、俄、日五国银行团的代表进行最后的谈判。谈判进行得很艰苦，双方代表一直谈到27日凌晨才最后议定各项具体条款。
在借款合同中，五国银行团答应借给民国政府2500万英镑，年息5厘，期限47年；债券9折出售，扣除6％的佣金，等于只有2100万英镑；如果再扣掉之前的垫款、各国银行的借款及其偿付各省遣散军队等费用的话，实际上拿到手的不足1000万英镑，但到期归还本息就要6789万英镑了（比庚子赔款似乎要苛刻）。
当善后大借款已经签字的消息公布后，立刻在国内引起了轩然大波。首先是来自国会的质疑，国民党籍的参议院议长张继和副议长王正廷通电全国，称善后大借款不经国会批准即行签字，无疑是视国会如无物，荒唐可笑，岂有此理。随后，黄兴、柏文蔚、李烈钧、胡汉民等人也都纷纷发电报，斥责袁世凯违法借款，藐视立法机关，大有兴师问罪之势。
既然钱已借到手，袁世凯也就干脆撕下脸皮，他非但不理睬国民党籍议员的抗议，反气势汹汹的斥责孙中山、黄兴等国民党人。事情闹到这步田地，双方惟有兵戎相见了。6月9日，袁世凯先下手为强，下令免除李烈钧的江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又将广东都督胡汉民免职；30日，安徽都督柏文蔚也被免职。如此一来，国民党籍的三位都督都被袁世凯以“不称职”、“不孚众望”的名义罢免，当然，根本原因还在于“不服从中央”。
李烈钧被袁世凯免职后，他并没有立即举兵讨袁，而是先通电下野，并于6月15日离开南昌前往上海。到上海后，李烈钧分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等人，他们在反复会商后认为袁世凯难以感化，现在的办法也只有举兵反抗，或许还有一线生机。
7月7日，李烈钧从上海返回江西后秘密召集旧部，并于7月12日占领湖口炮台。次日，李烈钧成立江西讨袁军并发布讨袁檄文，宣布江西独立。随后，柏文蔚与胡汉民、陈炯明也分别在安徽、广东宣布独立。
早在李烈钧宣布独立前，北洋军便已开始向南方各省渗透。1912年秋，一小部分北洋军应湖北都督黎元洪之邀陆续进入湖北境内；1913年4月后，黎元洪又以湖北局势不稳定为由，请求袁世凯再派李纯的一个步兵团到武汉。等到5月中旬后，南北对立之势日益明显，北洋军也开始大批南下。到5月底，驻扎在湖北的北洋军已经超过2万人。
北洋军的军事计划沿着京汉线和津浦线两路分进，一路以湖北为基地，进攻江西和湖南；另一路以徐州为前沿，并以海军策应沿岸，向安徽和江苏进军。李烈钧在湖口宣布独立后，北洋军第一军各部在李纯及王占元的率领下沿着京汉铁路南下，很快便进抵江西九江；与此同时，冯国璋、雷震春、张勋等部也沿着津浦路进兵，向南京逼近。
李纯部的前锋第十一混成旅在旅长马继增的率领下，很快便进驻九江，扼住了入赣的战略要地。李烈钧讨袁军的前锋林虎所部也不甘示弱，随后扣留了由德安开往九江的火车，并将前哨布防前移，准备迎战。
但是，李烈钧的讨袁军也存在一个严重问题，这就是部队内部分化，当时江西虽然有陆军两个师和1个混成旅，共10个团的兵力，但第一师师长欧阳武和第二师师长刘世钧均举棋不定，并在暗中与袁世凯、黎元洪互通信息，敌友难分。当时完全服从李烈钧领导的只有林虎的第一师第一旅（两个团）、李明扬的第十团、周璧阶的第九团、卓仁机的机关枪大队和方声涛的新编旅（后来鼎鼎大名的陈铭枢和蒋光鼐在其中任营、连长），兵力不足5个团。
7月12日拂晓，林虎部主动出击，一路向沙河镇挺进，一路袭击十里铺的北洋军。激战数日后，讨袁军初战告捷，占领了沙河镇，并迫使北洋军暂时后撤。但在林虎部激战的同时，方声涛部进攻九江失利后撤，严重影响了战局的发展。
李纯在沙河战役受挫后，随后便调整部署，调集了3个团的优势兵力向林虎部反扑，尽管林虎部抵抗非常英勇，但由于敌强我弱，在激战一昼夜后讨袁军被迫撤退。数日后，北洋军第二师在师长王占元的率领下开赴九江，段芝贵的8营拱卫军进抵九江，海军次长汤芗铭所率的舰队也已到达前线，北洋军实力大增。
在北洋军部署完毕后，袁世凯任命段芝贵为第一军军长兼江西宣抚使，统一指挥前线作战。随后，段芝贵坐镇九江，以李纯为左路军司令，王占元为右路军司令，会同海军舰队进攻湖口。北洋军兵分两路，一路由第六师二十二团团长张敬尧率领，另二路由第二师旅长鲍贵卿率领，在汤芗铭四艘军舰的配合下，向湖口炮台发起了猛烈的进攻。
在林虎部进攻失败后，方声涛率右翼军约5000人进行了顽强的抵抗，战斗十分激烈，第九团团长周璧阶在冲杀中不幸阵亡。在撤退途中，第九团的营长龚星胜眼见胜利无望，又带领两个营及炮队、机关枪队向北洋军投降，结果右翼军兵力大减，基本失去了进攻能力。
7月25日，北洋军攻陷湖口，李烈钧率讨袁军余部退守吴城。湖口要塞失陷后，江西已是门户大开，无险可守，而北洋军则乘胜追击，攻下德安、建昌、吴城，随后合击南昌。由于实力相差悬殊，南昌于8月18日宣告失陷。
无可奈何之下，李烈钧也只好率部下何子奇等人乘两艘快轮沿赣江南下，经樟树镇到达萍乡后与唐蟒率领的湘军援赣部队会合，随后又在袁州同林虎解散剩余部队，最后应湖南都督谭延闿之邀率少数亲信随员乘火车去长沙。李烈钧到达长沙时，谭延闿早已取消湖南独立，但他也不想和革命党交恶，于是在他的安排下，李烈钧、林虎等人都秘密流亡日本。至此，江西战事宣告平息。
在北洋军与李烈钧讨袁军激战的同时，第二军的冯国璋、张勋、雷震春等部也已经进入江苏，准备进攻南京。此时，黄兴组织了讨袁军司令部，随即令驻徐州的冷遹第三师向邻近的北洋驻军立即发起进攻，又令第八师骑兵团及机关枪连、炮兵营、工兵营组成混合支队，开赴徐州前线支援第三师，第一师第一旅也随后跟进；第一师第二旅开赴临淮关，协助安徽讨袁军协防北洋军倪嗣冲部；第一师和第八师的其余部队，暂时驻防南京。
在受到冷遹部的攻击后，北洋军在第五师师长靳云鹏的指挥下坚守待援，多次打退讨袁军的进攻。辨帅张勋得知徐州已经爆发战事后，不待袁世凯的命令便派出3营如狼似虎的辫子兵前去支援，而田中玉的巡防营也从兖州开到前线，随即加入战斗。冷遹部在被北洋军左右夹击后，势不能敌，只得后撤到徐州以北20公里的柳泉待援。
这时，第八师的混成支队和第一师第一旅也相继赶来增援，南北军再度展开激战，双方你来我往，阵地几度易手，不分胜负。这时，黄兴还试图利用张勋忠于清室的情结来离间张勋倒戈，他致电张勋说：“袁世凯本清室权奸，异常险诈，戊戌政变便是他告密导致。辛亥革命时，袁世凯假借民军的名义，欺负人家孤儿寡妇，乘机盗窃权位。袁世凯不仅是民国的大盗，也是清室的贼臣，天下人皆可讨伐之，还望张公深明大义，再造国家。”
张勋接到电报后，还没等看完便一把撕了个粉碎，破口大骂道：“呸！我以前只知道大清朝，现在就知道袁总统，什么讨袁军司令黄兴？我老张岂是你所能诱惑的么？”
张勋之前曾被江浙联军打得落花流水，正要找个机会出出胸中的恶气。骂罢，张勋反命令部下向讨袁军发起猛烈进攻，而冷遹部刚退守徐州，土匪出身的骑兵团团长张宗昌在所部被打散后突然叛变，以致军心大乱，讨袁军被迫退出了徐州。
在北洋军的步步紧逼下，讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，而坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的程德全也来捣乱，他发布取消江苏独立的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴也觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。
黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也随即出走。这时，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥和代理一师师长周应时等人干脆宣布取消独立。这时，革命死硬派何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立铁血监视团，他们在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，但他们到达南京的时候，为时已晚，黄兴等人早已是人去楼空。像武昌起义一样，在高级将领缺位的情况下，又是革命士兵主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走师长陈之骥（他虽是同盟会员，却是冯国璋的女婿），并与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。
这时，张勋部前锋已经抵达南京城外，而此时城内何海鸣领导的讨袁军连师长都无法选出。尽管如此，士兵们的战斗自觉性仍旧非常之高，他们每天都在街上站岗巡视，敌人一发起进攻，他们无须号令便奋身前往；即使在阵前，他们也无须指挥，便向前攻击。值得一提的是，临时领袖何海鸣也是位革命精神很强的人，他下手很狠，将军中怀有异心的军官一律剪除，颇似当年法国大革命时罗伯斯庇尔的风格。
如果说“二次革命”是辛亥革命后续的话，南京保卫战无疑是最激烈的。等到冯国璋等北洋军汇集南京后，双方势力相差是极为悬殊的，但即使在这种情况下，南京保卫战仍旧坚持了20天，这与何海鸣等人及其革命士兵艰苦卓绝的革命精神是分不开的。在这20天里，南京守军与北洋军在雨花台、紫金山、天保城、幕府山等地展开了激烈的争夺，讨袁军并未明显落于下风。
8月底，各支进攻南京的北洋军相继到齐，其中以冯国璋、雷震春和张勋部为主，张宗昌与徐宝山的叛军也加入了攻城之战。在这些攻城部队中，张勋的辫子军最为凶悍，而冯国璋似有隔岸观火之感，只是在最后才在海军的掩护下，才参与最终的总攻。
9月1日晨，北洋军对南京城发起总攻击。张勋的辫子兵在朝阳门一带挖地道进去，用炸药将城墙轰塌两丈有余（当年湘军攻下天京也是用的这招，主要是朱元璋修的城墙实在太厚）后，辫子兵随即蜂拥而入。这时，太平门、通济门、神策门也相继被攻破，何海鸣等人率领士兵们在钟楼、内桥、鸽子桥、花牌楼等处与北洋军展开残酷的巷战，战斗一昼夜后仍不屈服，并于次日上午在雨花台同北洋军进行了最后的决战，在伤亡殆尽的情况下才最终溃散，何海鸣等人在武定桥下乘小船逃走。
南京城破后，张勋手下的那些辫子兵大肆的奸淫抢掠，洗城三天。对此，张勋不闻不问，似乎是天经地义一般。在辫子兵的肆虐下，南京城陷入了极度的混乱之中，几乎是天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了都为之咋舌。那些辫子兵在抢劫的时候毫无顾忌，几乎无兵不抢，乱兵们所到之处，挨家挨户，上自天花板，下至阴沟，挖地三尺，一丁点都不放过。另外，城内的妇女也饱受这些人的戕害，投秦淮河自杀的女子也不在少数。三天过后，用当时人的话来形容是，南京城内“各等人民皆体无完衣，家无一餐之粮”。
说起这个张勋，也的确是中国近代史上一个不可理喻的人物。他年轻的时候参加过中法战争，并在镇南关大捷中立下大功，并被越级提拔，最后累功升至参将衔。在甲午战争中，他又随提督宋庆出战，大败而归，后来投到袁世凯的门下重掌兵权，但还不是袁世凯最亲信的第一集团（和冯国璋、段祺瑞等人比较而言）。在义和团之乱后、慈禧太后西安回銮的时候，袁世凯曾派他沿途护卫，这下被他抓到机会大表忠心，并在北京承担过一段时间的拱卫任务。在此期间，张勋深得慈禧太后的信任，慈禧太后也对他大加笼络，恩宠备至，简直令老张万分激动，感激涕零。清末的最后一年，张勋被外放江南提督一职，他对大清的感恩戴德真的是发自内心，忠贞不二。
辛亥革命时期，张勋率领他的辫子兵在南京与革命军血战一场，最后狼狈退出了南京城（所以这次他表现奋勇，原来是要报一箭之仇）。在清帝退位之后，张勋的辫子兵退守兖州，但在民国的新气象里，张勋却拒不剪辫，他的部队也一律留着长辫子，由此，“辫子兵”和“辫帅”之名也就不胫而走。
张勋对脑袋后的辫子很有感情，早在辛亥革命的时候，他就在南京派出军警，凡是剪了辫子的人便指为革命党，被他砍掉的脑袋至少是成百上千。不仅如此，张勋还把没有辫子的人头高悬在大行宫、花牌楼一带，制造血色恐怖。就他那德性，如何会主动剪掉辫子，那简直是爱如至宝啊。
袁世凯原本是想安排冯国璋做江苏都督的，但这个张勋在这次南京之战中表现得也太突出了（战后的抢掠也一样突出）。为了表示赏罚公平，袁世凯也只好把江苏都督的位置给了张勋。对此，冯国璋也没说什么，他随后便带着他的队伍渡江而去。他毕竟是北洋系的元老，有的是机会。
张勋做了江苏都督后，那就苦了南京的这些老百姓了。偌大的一个南京城，简直就是倒退回了大清朝，整个就一片乌烟瘴气，看不到一点民国的气象。在张勋的引导下，南京城内又兴起了留辫子的风气（大部分是假辫子），因为张勋只重用那些有辫子的人，而那些穿西装、剪短发的人，他不但看了就生气，弄不好要掉脑袋呢！
张勋在前清的时候没有机会过总督的瘾，这次可不能浪费机会了，要知道，这位置可就相当于当年的两江总督啊，那是曾国藩、左宗棠这等人物的遗缺，倘若换了以前，老张是做梦都不敢想啊！
为此，张勋命人将江苏都督府的大柱和栋梁全部涂上朱红色，两江总督时代的吹鼓手和炮手也都找了回来，并按照老样子每天开吹三次，开炮三次。在张勋面前，千万不要用“前清”字样，因为他认为至少在他统治的范围内，应该还是“大清天下”。所以，南京城内大小官员们见了“大帅”都要行跪拜礼，要自称“卑职”。军营里更是如此，绝不允许悬挂民国的旗子，而要悬挂红色白边的蜈蚣旗。在江苏都督府门前大桅杆上，也不许挂民国的五色旗，挂的是一个斗大的“张”字红旗。
张勋在国人面前虽然狠，但在日本人面前却没了脾气。原来，辫子兵在南京胡闹的时候，有一次杀伤了三个日本人，这下不得了，几乎引发一个国际事件。日本驻华公使随即向袁世凯的北京政府提出了最严重的抗议，日本的军人们还向政府请愿，要求出兵报复。这下不仅把袁世凯吓得不轻，张勋也吓得够呛。最后，张勋只好低三下四的到日本驻南京领事馆亲自道歉，一点脾气也没有。
就因为这事，张勋在“两江总督”的位置上屁股都没有坐热，最后被袁世凯打发去做长江巡阅使了，这下可是把辫帅气得半死。迫于国际压力，张勋最后在向袁世凯讨得五十万元的开拔费后，才怏怏不乐的将江苏都督的位置让给了冯国璋。
从“二次革命”的效果来看，国民党激烈分子所发起的这场战争非但没有给自己加分，反而给了袁世凯一个树立权威的好机会。事实上，袁世凯虽然身为大总统，但正如旅美历史学家唐德刚说的，“当时的全国各省基本都被当地的土军头所盘据，应缴中央的各种地方税收，统统都被借口扣留了，袁氏的中央政府对他们，可说是毫无办法，既不能行文，更不能动武，结果弄得中央政府分文不名，只有靠举债度日”，这次的战争实际上是给了袁世凯一次统一的机会。
“二次革命”是民国成立后的第一次南北战争，也是辛亥革命中那场尚未完成之战争的继续，可惜的是，那只是革命的退潮或者未尽的尾声。战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了。
在“二次革命”后，北洋军源源不断进入了南方各省，除了广西、贵州、四川、云南四省外，其他各省均已成为北洋军及其附属军的控制范围，即便是以上四省，还有山西的阎锡山、东北的张作霖，在袁大总统的威势之下，哪里还敢心怀异志。