自从肯泰罗加入后，小智的神奇宝贝都叫苦连天，肯泰罗之前每天的日常生活锻炼都让它们拖了层皮。例如和肯泰罗比力气，被肯泰罗撞飞；和肯泰罗赛跑，被肯泰罗拖着到处走，等等…它们有点羡慕被送到大木博士里的大针蜂。
而大针蜂也给大木博士带来了**烦，第一天到这里，就把研究所里所有神奇宝贝挑了个边，那惨烈让大木博士根本忙不过来，最后派出了自己的神奇宝贝才压住大针蜂。原本以为大针蜂会收敛一些，没想到大针蜂不在找那些的麻烦，反而找上了他，几乎天天来挑战大木博士的神奇宝贝，今天倒下了，明天好了继续来，不厌其烦。
这天，小智等人在旅行途中，顺路来到了黑暗市，可是这个城市大白天的一个人也没有。
“不太对耶，大白天的，为什么一个人影也没看见呢，真的好奇怪，连商店都没开？”走在路上，小刚一边看着四周一边说道。
突然从屋顶有人对着他们扔下了几块石子。“小心。”小智马上挡在了他们面前，石子全都打在了小智背上。
“小智”*3大家看到小智被攻击，马上过去跑过去检查，瑟蕾娜都在小智背上摸了摸，看到没事后才疏了口气。
“没事，没事。”在神奇宝贝世界所有人的体质非常强，挨个十万伏特都没事，火箭队就是最有代表性的例子。
“皮卡~”╰_╯╬，看到小智被石子击中，皮卡丘表示很生气，它用电流击中后屋顶扔石头的人，看到有三个小孩子从屋顶掉了下来。
“啊，是小孩子耶~”看到孩子掉下来后，小刚很吃惊的说道。
“你们怎么可以随便对我们丢石头。”小霞很生气，虽然还只是三个孩子，到这样做本身就是不对的。
“你们不是神奇宝贝训练家吗？”其中一个不太友好的说道。
“是啊，我是真新镇的小智，你们为什么攻击我们？”小智虽然知道这里的人讨厌神奇宝贝训练家，所有对他们的行为表示理解，不过这是作死的行为，不是所有训练家都像小智遇到的那么好脾气。
“我是小刚。”“我是小霞。”“我是瑟蕾娜。”其他人都做了自我介绍。
“啊，好痛啊”，不过这时她和小刚的头被其中的一个孩子拿着棍子打到了，而瑟蕾娜则被现在抱在怀里，再次受了两棍。
“小智…”瑟蕾娜看到小智又为自己挡下攻击，心疼的眼泪都快掉下来了。
“我没事，瑟蕾娜。”小智连忙安慰瑟蕾娜。
“不管是你是不是训练家，带着神奇宝贝，我们就讨厌”，一个孩子说道。
“神奇宝贝哪里不好了。”这次小智有点火了，无缘无故的攻击他们，还说神奇宝贝的坏话，皮卡丘则黑着脸，虽然想要放大招的样子。
“请等一下。”就在这时，一个大叔出现了，“对不起，这些孩子好像对你们制造困扰了，你们到我家来一下好不好？让我好好的向你们道个歉。”大叔抱歉的说，并且邀请小智、小霞和小刚去他家。见大叔都那么诚心诚意了，小智他们也不好意思生气，在不远处，一个黑衣人正注视着小智一行人。
到了大叔家后，从大叔口里知道了，为了成为神奇宝贝联盟正式承认的道馆，这里的亚斯道馆和卡兹道馆聘请旅行的神奇宝贝训练家当打手，一有事情就不分场合的搞起神奇宝贝决斗。小霞她们了解后对那群孩子的行为谅解了一些，而皮卡丘也被小智拿出的番茄酱安静了下来。
而就在小智等人吃东西的时候，外面传来一阵骚动，“是亚斯道馆和卡兹道馆之间的小斗争，你们几个赶快躲到二楼去吧，如果被卷入斗争的，那就糟糕了。”大叔赶紧解释道。
“他们常常这个样子吗？”到二楼后，看着下面亚斯道馆和卡兹道馆不断地大家，而且四周的房屋也受到了波及，小刚对三个孩子说道，不过得到的答案则是肯定的。
“他们这样子不算神奇宝贝决斗，只是打群架啊，他们是不是对神奇宝贝训练家的定义有什么误解啊。”小霞也说道，并且心里很是难受。
“我去阻止他们，小刚，你保护瑟蕾娜和小霞”小智看着外面的打斗，直接跳了下去。
“不行啊，太危险了。”大叔听了小智的话后立刻担心的说。
“没事的，小智可是很强的。”小刚自信说道。虽然小智经常一个人面对危险，但每一次都成功化解危机，所有大家对小智的实力还是很放心，他们也想为小智分担，但实力不够，只能努力训练，希望有一天能真正帮上小智。
刚出来就看到电击兽把攻向它的亚斯道馆的神奇宝贝全部打倒了，而飞天螳螂也用一字斩打败了卡兹道馆的人。
“全体成员都出来吧，对战开启了，尽情发泄吧。”小智丢出来了六个精灵球，全部一出来就开始动手。比比鸟一个神鸟连续干翻两只神奇宝贝；暴鲤龙破坏死光扫过一条路；妙蛙种子用藤鞭抓住一只在天上甩啊甩；杰尼龟一个火箭头槌撞到一个；火恐龙抱起一只神奇宝贝就用力一摔，肯泰罗又到处乱撞。
“你们是什么人？”亚斯和卡兹道馆的馆主看到小智派出的神奇宝贝真在虐他的手下，于是问道。
“来教育你们的人。”小智立刻说道，“皮卡丘，十万伏特，暴鲤龙，使水炮。”皮卡丘直接将飞天螳螂电成焦炭，暴鲤龙用水炮把电击兽打飞挂在墙上。电击兽和飞天螳螂还没反应过来就领便当去了。
“啊，电击兽（飞天螳螂），可恶，都给我上。”，收回了电击兽和飞天螳螂后，那两个道馆的馆主指捡起一根木棍对着小智说道，不过却没有人回应他们，等他们回头一看，站着的只有小智的神奇宝贝，地上躺着的都是他们的神奇宝贝。
“等一下。”这时，出现了一位穿着长长风衣，带着口罩的人。
“什么，你是什么人？”两个道馆的馆主则是说道。
“我就是神奇宝贝联盟派过来的正义的检查官，去吧，我的神奇宝贝球。”这个神秘人则是拿出一个宝贝球后说道。
“是吉利蛋耶，这就表示是……”，看到放出的吉利蛋，小刚说道。
“没错，我的真实身份是乔伊，只会利用神奇宝贝来打架的人所开的道馆是绝对不可能获得神奇宝贝联盟正式承认的。”神秘人摘掉伪装后，露出了真面目，原来是乔伊小姐。
“怎么会这样。”“可不可以请你网开一面啊。”听了乔伊小姐的话，两个人沮丧的说道，马上上前抱住乔伊小姐的腿。（这算吃豆腐吗）
“除非你们将黑暗市恢复原样，怎么样？”乔伊小姐马上避开，虽然有点厌恶，不过还是保持职责化的微笑着说道。
“当然有了，我们马上动手。”他们赶紧表态的说。“不过能不能先恢复下我们的神奇宝贝。两个人都不好意思的骚了骚头。
乔伊小姐看了看满地受伤的神奇宝贝，一副幽怨的表情看着小智。小智把头转向别处，一副表示我什么都不知道，在一旁不负责任吹着口哨。
事情终于结束了，小智他们也帮忙救助那些神奇宝贝，等完成后就告别了乔伊小姐，离开了黑暗市，又继续前进了。