继续旅行的小智三人，在一座岛上休整一下，小智还换了个神奇宝贝，然后又在海上认识了开船旅行的小美，并且受到小美的邀请，来到船上，继续旅行，朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧。”上到船上后，小霞把神奇宝贝们放出来，大家都到水里去玩了，当然旱鸭子可达鸭还是只能在船上看着。
不过好景不长，突然前方出现了大片的黑云，而皮卡丘谨慎的看着那些黑云，两个脸颊也开始出现电火花。
“皮卡丘，你也感觉到了吗？”小智摸了摸皮卡丘，皮卡丘对着小智点了点头。
“不用担心，这一切都都有我。”小智抱起皮卡丘开始收回神奇宝贝，小霞也收回她的神奇宝贝。
海上开始出现风浪，船也因此剧烈的摇晃，小霞也抱紧波克比，大家只能抱着栏杆，不知道船会飘往何处。不过小智心里已经大概知道怎么回事了，剧情要来临了。而与此同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气情况，也引起了各类人士的关注。
等稳住船后，他们已经来到了目的地，小美在船的上方，看着远方说道，“亚细亚岛，橘子群岛海域的尽头。”
“洛奇亚，不知道洛奇亚知不知道项链的来历，毕竟海里突然出现那么巨大的快龙，它应该不会不知道吧。”听到小美的话，小智心里想到，手放倒项链的那个位置上。然后在水流的带领下，大家上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧。”从船上下来后，小霞就稍微平复了心情的说。
“真的得救了吗？”不过这时小建发现了他们远方出现了许多的带着奇怪鸟面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗？”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人，而且认识小美。
“哎呀，是小优啊”，而小美也认识那个女人，原来是叫做小优，“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过，那种打扮是什么啊！”随后小美又问小优说。
“祭典啦，从今天起，岛上会有祭典举行。”小优回答说。
“小优，你还是当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“引退了，我现在也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹担任了。”不过小优则是说她不再是祭典女孩了。
“什么妹妹，谁是祭典女孩了，我当姐姐的妹妹真是不幸。”然后就看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来有超时代的画面。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢”，而姐姐小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的。”而妹妹吐了吐舌头，然后回答说。
“真是没办法，小美，这是我的妹妹芙萝拉，这样也能当巫女，是祭典的主角，时代真是变了。”小优向大家解释了妹妹后，又吐槽了一下，“这几位是？”随后小优看到了小智三人，于是问道。
“哦，他们是神奇宝贝训练家。”小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，喔——喔——太好了。”听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小霞和小建一头雾水，而小智则是知道原因，看来又要当勇者拯救世界了。奇怪，为什么要说“又”呢？
“传说中，跟着世界的毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者，也就是训练家，你就是那个训练家，这是惯例。”而后从人群中走出来一位老爷爷，并且一边说着，最后指着小智说他是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家？”这时，芙萝拉也走了过来，打量着小智。
“你好，我叫做小智”，小智自我介绍说。
“哎呀，伊布和皮卡丘看起来都很不错，不管了，按照惯例，亲一个，这是欢迎之吻。”而芙萝拉听了小智的话后就要亲过来。
“哎哎哎，等一下”，而小智看着马上要亲过来的芙萝拉，立刻就慌了起来，虽然瑟蕾娜不在这里，不过被她知道会吃醋的，不过还是被芙萝拉在脸上轻轻点一下。话说，小建，你拿着纸和笔在画什么，等一下一定要拿给我看看。
“等等，这是什么惯例啊~”小霞这时才反应过来了，迅速走上前去，挡在小智面前，对芙萝拉说道。
“这个……小智，你妹妹？”芙萝拉不解问道。
“鬼才是。”小霞马上反驳。
“那是你女朋友吗？”
“鬼才是。”
“那你管那么多干嘛，算了，反正已经和小智确立关系了，其它的都不重要了。”芙萝拉看着故意在小霞面前对着小智抛了个媚眼，然后带上她的墨镜。而小霞气的咬牙切齿，但又不好意思那么多人面前发脾气，破坏自己淑女形象。
“来，祭典开始了。”老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊！”跟着祭典活动了一会儿后，小智他坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇宝贝也加入战局，小智对它们说等一下会有很麻烦的战斗，现在它们都在养精蓄锐。
“是啊！”小霞也慢慢融入庆典了。
“是那个女孩，我看出来了”。突然传出一阵悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一位女孩，头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子，很是梦幻，而小建则是说道。
但笛声响起的时候，小智的项链发出微弱的光芒，这点小智他的注意力被芙萝拉吸引了，没有发现，而在不远的深海里，一个黑影却突然睁开双眼。
“真的很漂亮。”小智赞美一句，不过下一句却是“真的是同一个人吗？”
“天地愤怒，世界即将毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神的愤怒，小智大人，如果你真是那个优秀的指挥者的话，就请给我们看证据吧，到近海的三个岛上拿到三个宝物，然后放到岛上的祭坛上，然后由我来向众神吹奏奉献之笛，这样就结束了。”芙萝拉跳完舞后就走到小智他们面前并且对小智说。
“那宝物在哪里？”小智故意问道。
“在各个岛上的神社中”，芙萝拉一边吃着一个水果一边回答说，“而且到岛上去有船，而且到神社上还有楼梯，很简单的。”芙萝拉又解释了一番，看来历年来的祭典都很简单，不过小智想说今年可是不一样的。
“那我们现在就出发吧。”小智想到这件事情越早处理越好，于是想要现在就出发。
“不用着急，祭典要持续到明天，明天早上再去也来的及，放轻松。”而芙萝拉则是觉得事情很简单，不需急着去。
“还是现在去吧，早点结束比较好，今天的事今天完成。小霞，你们就待在这里等我的好消息吧。”而小智则是坚持自己的想法，收起神奇宝贝，带着皮卡丘和伊布就出去了。
“啊，小智，等等…”小霞还没说完，小智便离开了他们的视线。
“船我来开吧，我送小智先去火之岛。”小美这时也跑了出去，说要载小智过去。
可惜，船刚到一半，海上就起了风浪，这让小智有点进退两难。
而就在此同时，大木博士研究所，“橘子群岛？小智他们现在旅行的地方？如果发生危险，小智一定又会去独自面对。”听了新闻说是橘子群岛的海底洋流发生了变化后，小智的妈妈担心的说。而后大木博士也接到了内木博士的电话，说橘子群岛的神奇宝贝们也发生了异动。
“终于到岸了”经过了一路的颠簸后，终于可以说是“平安”的抵达了火之岛，不过你们把眼睛里的蚊香去掉那就真的平安到达。
“船长在这里等我吧。”小智说了一声后，然后带着皮卡丘和伊布就朝神社跑去。
“这个应该就是宝物了，时间紧迫，我还是快点离开好了。”到神社的路上可以说是比较的安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色的发光的珠子，小智看着它自言自语的说到。
当小智走上前去，奋力的把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰的燃烧，拿起来感觉很温暖，小智也没管那么多，收起来就想要去下一个岛拿其他的宝物。
不过离开的时候又遇到拦路虎…
“…………（火箭队经典台词）。”
“火箭队，我今天很忙，我忙着呢拯救世界，没时间和你们耗。”小智知道今天拖越久就会越麻烦，所以没有时间浪费在火箭队身上。
“你拯救世界关我什么事我们是坏人，今天天气很不好，不过趁着现在赶紧把皮卡丘交出来，我就放你过去。”武藏则还是想要抓皮丘。
“等一下你们的对手是我们，小智，你快去别的岛吧，这里我来帮你挡住。”这是芙萝拉和小霞他们跑了过来，挡在了火箭队面前。
“小霞，小建，还有芙萝拉，你们怎么来了。”小智问道。
“因为…”小霞还没有解释完，又出现意外了。
‘呲呲呲呲啦~~’，不过就在这时突然有了这样的声音，而且大量的闪电袭来，闪电到处的肆虐。
“那是？”对于随后出现的冒着闪电的黄色大鸟，小霞非常的好奇。
“闪电鸟，电系和飞行系的神奇宝贝，同样的，也是传说中的神奇宝贝，它来了。”小智严肃的看着闪电鸟，他现在还没有打败闪电鸟的实力。而与此同时，闪电鸟也停在了神社上，身体四周发出大量的电流，而本来的火山口也全部被电流而改变了。
“怎么回事？”小霞感到自己好像有点飘起来的感觉，很是担忧。
“是电气场地，它在改变这里的场地属性。”小智说到。。
“原来如此啊喵”，喵喵在旁边也随后说道。