这场杀戮整整持续了三天三夜，全城男性皆被杀净。从第四天起，行刑队又奉命将满城妇女尽数驱赶至江边，逼她们跳水。
可怜这些柔弱女子叫天天不应，呼地地不灵，只得抱成一团，哭喊着无奈跳入江中。一时间，江水拥塞不流，用手撑大船十余只，至下游推尸顺流，航道方才重新通畅。
这场腥风血雨过后，原先繁华的锦官城瞬间变成了一座鬼城。张献忠旋即又颁下圣谕，附近各乡镇村民，均可移居成都。
然而百姓心中恐惧，自是左顾右盼，迟疑观望，张献忠见迟迟没有人奉诏，在恼怒之下，听从了汪兆龄的建议，再度颁布了一道更为严酷的谕令，曰：“即日起，除城尽剿！凡居山野者俱为大西叛逆，悉行剿杀；居城内者俱为我朝良民，只须大顺钱缀于首，便可免死。”
为此还定下赏格：每在山野、村落杀死一人，须以手掌记功，上交男人手掌一双，或上交女人手掌四双，均可记功一次。如有士卒空手而归，则以背叛罪论处，房屋、谷米有焚烧不尽者，亦要治罪。
由于担心会有人用女人手掌冒功，又规定凡杀死男子，除剁手外，还要取势为证，否则皆按女人计算。
此谕一颁，郊区村镇的百姓顿时慌了神，连忙争先恐后地扶老携幼，涌进了成都。
定国和文秀因先前越狱潜逃，怕遭张献忠惩罚，这些时日一直都住在遂宁马元利的军中。他们本想着等张献忠怒气消退之后，再行返回成都请罪。
可随着成都传来的消息越来越荒唐可怕，二人说什么也坐不住了，当即不顾香莲的劝说，辞别了马元利，策马直奔成都而来。
到达成都后，定国和文秀并没有直接去见张献忠，而是先行来到东府谒见张可旺。
见是定国和文秀到了，张可旺不禁喜出望外，一把拉住二人，垂泪言道：“兄弟啊，你们可算是回来了！父皇一意孤行，哥哥我已是无能为力了！”
兄弟三人互相寒暄了一番，可旺旋即将二人引至一间密室，这才继续说道：“我大西朝已到危急存亡之秋，父皇喜怒无常，众大臣自保不暇，无人敢于进谏！我虽曾在父皇面前劝过几次，可父皇总是听不进去，我等还须另想办法，使父皇能够回心转意，停止杀戮！”
说起除城尽剿之事，定国和文秀亦是叹息不已。
“依我看一切祸根皆在汪兆龄身上！咱们兄弟必须联手除掉汪兆龄！否则大西基业将毁于一旦！”文秀突然拍案而起，愤然说道。
定国轻轻拍了拍文秀，示意他坐下，然后不紧不慢地说道：“我倒是有一个办法，我和三弟这就去向父皇请罪，然后以岁暮之期，本年国运未顺，天子须前往青羊宫斋醮祈福的缘头邀父皇同行，让父皇亲眼看一看如今成都城中的萧条景象，或许对他能有触动。”
张可旺点了点，赞同道：“老二这个办法挺好，不妨一试！事不宜迟，我这便随你们同去，父皇向来器重老二，想必不会太过为难你们！”
三人拿定主意，立刻出了东府，直奔御府中营求见张献忠。果不其然，见定国和文秀服软，张献忠当场就赦免了二人的罪过，并答应次日随他们前往青羊宫祈福。
腊月二十一日，张献忠果然早早便沐浴更衣，与汪兆龄、张可旺、张定国、张文秀四人一同乘马，缓辔出城。
一路行至南门，只见街巷冷落，行人稀少，亦未见到御林军站街警跸，张献忠不禁奇怪地问道：“今日并未见得将士沿街警戒，为何百姓竟如此自觉回避？”
张可旺赶忙答道：“父皇，并非百姓刻意回避！自从屠城令颁布以来，城内一直都是如此荒凉。”
张献忠听罢不禁一惊：“甚？老子不过一句气话，你们居然真的把全城的人都杀空了？”
说罢，只见张献忠翻身下马，带着众人快步向城楼上走去。站在城楼之上，极目远眺，原先繁华的市集，如今全是鸦雀群飞。转身再望向城郊，更是到处野草丛生，罕见人烟。
张献忠脸色瞬间变得惨白，忍不住扭头发问道：“文秀，现在城中到底还有多少人口？”
文秀抱拳言道：“禀父皇，城中原先居民已尽数死绝，后经四郊百姓填充，现有居民不到十万人。”
“什么，就剩这么点了？”张献忠不可置信地瞪大了眼睛。
定国见时机成熟，突然伏跪在地，唏吁啜泣道：“父皇，全城百姓同日而死，繁华京师，一朝沦为墟墓，每每念及至此，儿臣皆是痛心不已！自古以来，国以民为本，惟培民本方可治国，滥杀百姓，乃是自取灭亡之道也！”
张可旺亦跟着进言道：“父皇久居深宫，未悉民情，本不足怪！然诸臣工知情不言，坐视败坏，实属不忠也！”
汪兆龄乃百官之首，听张可旺此言一出，他立刻猜出张可旺针对的就是自己，猝不及防下，汪兆龄的脸色瞬间变得惨白，他怎么也想不通，为何一直跟自己同进退的张可旺，竟会在这关键时刻对自己反戈相向。
张献忠心乱如麻，并没有发现汪兆龄脸色的变化，不禁一声叹息道：“老子只知城中百姓私通明朝当杀，不想居然杀了这么多人！这些大臣吃着老子的俸禄，竟无一人谏阻，着实可恨！都该剥皮填草！”
汪兆龄猛地一个激灵，慌忙跪倒在张献忠面前，连连叩首，颤栗请罪。
谁知张献忠却是看也不看汪兆龄一眼，自言自语地呢喃道：“老子干下如此人神共愤之事，如何面对天下人？倒不如自杀谢罪吧！”
说罢，张献忠突然抽出佩刀，径直就往脖子上抹去。在场诸人皆是一惊，连忙一拥上前，硬生生将刀夺了下来。
经这一番闹腾，再没有人去顾及汪兆龄，他就这么又幸运地逃过了一劫。
见张献忠切齿怒目，依旧自恨不已，定国赶忙劝慰道：“父皇，亡羊补牢，为时未晚！只要咱们从此施以仁政，善待天下百姓，必然能够重新获得百姓的拥戴！”
张献忠深以为然，立即颁布谕令，停止征剿百姓，安抚良民。然而此时，天下大势已经悄然改变，在虚耗了一年多后，张献忠再没有多少时间来巩固他的大西政权了。
大顺三年正月，清廷改派肃亲王豪格为靖远大将军，同多罗衍禧郡王罗洛宏、多罗贝勒尼堪、固山贝子吞齐喀、满达海和吴三桂等统率满汉大军十万，前往陕西。
至五月，豪格已先后击败盘踞在陕的孙守法、贺珍、刘体纯等大顺军余部，兵锋直抵汉中阳平关，与大西政权形成对峙。
与此同时，大明督师王应熊又派曾英、王祥二人联师向大西军发起了进攻，杨展亦由南面逼向成都。一时间，外有清军步步紧逼，内有明军大举来犯，大西政权顿时陷入了四面楚歌的危险境地。
想当年张献忠采取“以走致敌”的策略，把杨嗣昌耍得是焦头烂额，可如今在四川做了皇帝，形势反倒变了样，到处都得派兵据守，然而一旦将兵力分散，却又容易被明军各个击破。为此，张献忠不得不主动放弃了许多地盘，将兵力全部集中到了成都附近驻扎。
趁着大西军收缩兵力，各路明军接连收复了大量失地，其中：李占春、余大海占据了夔州、万县；熊有瑞、冯有庆占据了顺庆；杨展占据了嘉定、叙州、邛州；曹勋占据了黎州、雅州；陈铁脚占据了眉州；马乾占据了合州，樊一蘅也将行辕迁至纳溪，居中调度，督师王应熊亦在遵义传檄诸将，刻期并进。
祸不单行，就在此危急时刻，大西军又遭遇了严重的粮荒。府库中虽有许多的金银珠宝，可粮食却早已空虚，偌大的粮仓内仅存大米石余，小麦三四石。
万不得已，张献忠只得下令三奇、兴隆、八卦、永定、三才、定远、金戈、决胜、治平、志正、七星、果勇、虎略、英勇、太平、果毅、定威、南厂、北厂、中厂、双胜等三十余营出城就粮，仅留下神策、虎贲、射声、羽林、天威、天讨、宣威、志义、豹韬、鹰扬十营仍驻成都城内，并派出打粮队，设法四处筹集粮食。
饥饿使大西军的战斗力大打折扣，张献忠对此心急如焚，突然灵机一动，连忙唤来文秀，对其吩咐道：“打粮队已经走了数日，想必很快就能回来，全城空宅之中定有很多老鼠，你且命全军搜杀老鼠来食，再捱个三两日，或许就会有转机！”
文秀领命出宫，旋即下令全城搜杀老鼠，大西军将士饥不择食，纷纷行动起来，在城中四处翻箱倒柜，毁屋凿壁，烟熏墙洞，很快就将全城空宅尽数翻找了一遍，捕获数百万只老鼠，另外还打死了几百条蛇，就着山里采集的野菜一齐煮食，这才又维持了好几天的口粮。
然而长此以往终究不是办法，张献忠认为再继续困守成都已经没有多少意义了，遂决定放弃成都，取道长江，返回湖广休养兵马，伺机再从湖广进兵陕西。
拿定了主意，张献忠于是整顿兵马，集结大军三十余万，乘坐数千艘战船，于七月一日从成都出发，顺江东下。
一时间，密密麻麻的战船遮蔽了整个江面，绵延数十里，每艘船上几乎都装满了大量的金银珠宝，还有许多装不下的银锭，则被塞进了木头的夹槽缝中，随船顺流漂浮，准备等到三峡水流狭窄之处，再重新打捞上来。
由于船只超重，吃水过深，因此行进十分缓慢，走了数日方才抵达距离成都一百多里的彭山江口镇水域。
这里是进出成都的唯一水路要冲，自古便是兵家必争之地。
大西军将士食不果腹，皆有气无力地靠坐在一箱箱无法当饭吃的金银珠宝旁边，懒洋洋地晒着太阳。
就在这时，突然只听两岸山头战鼓声隆隆响起，瞬间杀声震天。原来大西军尚未出发，潜伏在成都城内的细作，便已将大西军的动向报知了杨展，杨展早就在此严阵以待，埋伏多日了。
听到喊杀声，张献忠赶忙跑出船舱观望，但见两岸明军火铳齐鸣，箭矢更如疾风骤雨般向着大西军船队倾泻而来，大西军将士猝不及防，顿时就死伤了一片。
张可旺和定国虽指挥众将士搭箭还击，奈何明军居高临下，又有岩壁掩护，因此基本没能起到多少效果。
就在大西军乱作一团的时候，前方江面又有数百艘熊熊燃烧的火船顺风飞驰而来，直入大西军船队阵中。火借风势，大西军船队瞬间陷入了一片火海。
张献忠大惊失色，急忙下令全军调转船头撤回成都，可是此处水道狭窄，无数的战船拥挤在一起，互相磕碰，结果谁也没能走脱。眼见火势越烧越近，不少将士只得弃船跳水逃生。
在御林军的拼死保护下，张献忠方才换乘小舟逃出生天，可大部分载着金银珠宝的战船和塞满银锭的浮木就此沉入江底。